한방에서 지구자(枳椇子)라 칭하며 약재로 쓰이고, 흔히 달여서 헛개나무차를 만들어 마시나, 잎으로도 달여 마실 수 있다. 어린 잎도 데쳐서 식용할 수 있다
'술을 마시고 이것을 달여 먹으면, 술 마신 게 헛된 것이(헛게) 된다'하여 붙여졌다고함. 여러 숙취해소제에 헛개나무 열매 농축액이 좋다하여 성분으로 들어간 것이 많다.